Im Zuge der Optimierung des Streckennetzes ab Genf werden bestimmte Strecken eingestellt. Dazu gehören vorerst Lugano, Algier und Skopje, die ab Winterflugplan 2016/17 nicht mehr im Angebot sein werden.
Auf Flügen nach Spanien (Barcelona, Madrid, Valencia), Portugal (Lissabon) und Italien (Rom, Florenz) hingegen wird SWISS im kommenden Winter grössere Flugzeugtypen einsetzen. Neu werden diese Destinationen mit Flugzeugen der Airbus A320-Familie und des Typs Avro RJ100 bedient.